정부, 1주택자 비거주 3년 특례 재검토

정부가 2026년 세제개편안에 담긴 장기거주소득공제의 실거주 예외 기준을 다시 살펴보기로 했다. 취학이나 직장 이동 등 불가피한 사유로 1주택자가 집을 비운 기간을 최장 3년까지 거주 기간에 넣는 방안이 대상이다. 구윤철 부총리 겸 기획재정부 장관은 8월 7일 국민 의견을 충분히 듣고, 실제로 피하기 어려운 사정이 확인되면 국회 논의 과정에서 합리적인 범위로 보완하겠다는 입장을 밝혔다.

쟁점은 세법상 3년의 예외 기간과 최장 4년까지 이어질 수 있는 주택 임대차 기간 사이의 차이다. 임대차계약은 기본 2년에 임차인의 계약갱신청구권 행사로 2년이 연장될 수 있다. 해외 근무 등을 마치고 3년 만에 돌아온 집주인도 갱신된 계약 때문에 1년을 더 기다려야 할 수 있으며, 이 기간이 비거주로 처리되면 양도소득세 공제 대상 거주 기간에서 빠질 가능성이 있다. 종합부동산세 공제 적용에서도 비슷한 기준 문제가 제기됐다.

장기거주소득공제는 장기간 주택을 보유했는지뿐 아니라 실제 거주한 기간을 양도소득세 공제에 반영하는 제도다. 정부는 2029년부터 장기보유특별공제를 단계적으로 폐지하고 이 제도로 전환할 계획이다. 세제개편안에는 교육과 직장 이동 등으로 거주하지 못한 기간을 최대 3년까지 인정하는 내용이 담겼지만, 임대차계약이 남아 귀국 뒤에도 입주하지 못하는 사례까지 일률적으로 같은 한도를 적용하면 1주택자가 세 부담을 질 수 있다는 문제가 드러났다.

정부의 보완 검토는 불가피한 비거주 사유와 인정 기간을 어느 범위까지 규정할지가 핵심이 될 전망이다. 현행안의 3년 한도를 유지하면서 사안별 예외를 두거나 임대차 갱신으로 생긴 추가 기간을 별도로 반영하는 방안이 국회 논의에서 다뤄질 수 있다. 구 부총리는 서민과 실수요자를 위한 보호 조치를 완화할 필요성에도 공감했다. 다만 구체적인 예외 기준과 적용 방식은 아직 확정되지 않아 후속 논의에서 명확히 정해져야 한다.