영세 음식점 농산물 세액공제 2028년까지 유지

연매출 4억원 이하 개인 음식점이 면세 농산물을 원재료로 매입할 때 적용받는 부가가치세 의제매입세액공제 우대율 9/109가 2028년 12월 31일까지 유지될 전망이다. 면세 농산물을 109만원어치 샀다면 9만원을 매입세액으로 인정해 납부할 부가가치세에서 빼는 방식이다. 올해 말 끝날 예정이던 제도가 2년 연장되면 식재료비와 인건비, 공공요금 상승을 겪는 영세 음식점의 세 부담이 줄어든다.

이번 조치는 ‘2026년 세제개편안’에 담겼다. 의제매입세액공제는 부가가치세가 면제된 농산물 등을 구입해 과세 대상 음식이나 제품을 판매하는 사업자에게 일정액을 매입세액으로 간주해 공제하는 제도다. 과세기간별 과세표준 2억원 이하인 개인 음식점에는 일반 공제율 8/108보다 높은 9/109가 적용된다. 연장이 없었다면 내년부터 8/108로 낮아질 예정이었다. 연매출 4억원 초과 개인 음식점은 8/108, 법인 등 다른 사업자는 6/106을 적용받는다.

농업법인 관련 세제 지원도 손질된다. 농업법인의 법인세와 출자자·조합원 배당소득에 대한 소득세 감면은 일몰기한이 없는 상시 과세특례로 전환된다. 식량작물 재배업 소득은 전액, 그 밖의 작물 재배업 소득은 일정 한도에서 감면된다. 농업인이 농지 등을 농업법인에 현물 출자할 때 양도소득세 납부를 미루는 이월과세도 상시화된다. 해당 세금은 농업법인이 현물을 처분할 때 법인세로 내게 해 공동영농법인의 규모화를 뒷받침한다.

농업용 석유류에 붙는 부가가치세와 개별소비세, 교통·에너지·환경세, 교육세, 자동차세를 면제하는 농업용 면세유 특례는 상시화하지 않고 2029년 12월 31일까지 3년 연장한다. 중동 정세 불안으로 국제유가 변동성이 커진 가운데 농업인의 경영비 부담을 낮추려는 조치다. 세제개편안은 입법예고와 국회 심의를 거쳐 확정되며, 정부는 9월 중 관련 세법 개정안을 국회에 제출할 계획이다. 국회 논의 과정에서 세부 내용이 달라질 가능성은 남아 있다.