2029년 장특공제 개편, 초고가 1주택 세금 급증
핵심 요약
정부가 2029년부터 장기보유특별공제의 보유 기간 공제를 폐지하고 공제액을 10억원으로 제한한다. 반포 래미안퍼스티지 사례의 양도세는 2억4185만원에서 9억4485만원으로 늘어난다. 초고가 주택의 부담은 커지는 반면 중저가 장기 실거주자는 세금이 줄어들 수 있다.

정부가 2029년부터 1가구 1주택 장기보유특별공제를 거주 중심 제도로 바꾼다. 보유 기간에 따른 공제를 없애고 거주 기간 공제만 유지하되, 공제액은 최대 10억원으로 제한한다. 이에 따라 장기간 직접 거주했더라도 양도차익이 큰 초고가 주택 소유자는 매각 때 내야 할 양도소득세가 현행보다 크게 늘어날 전망이다.
10년간 보유하면서 같은 기간 거주한 1주택자를 대상으로 계산한 결과, 서초구 반포동 래미안퍼스티지 전용 84㎡를 16억원에 사서 56억원에 팔면 양도세가 현행 2억4185만원에서 2029년 9억4485만원으로 약 4배 뛴다. 압구정 현대아파트 전용 131㎡ 사례에서도 17억원에 취득해 65억원에 매도할 때 세액이 3억1197만원에서 13억2046만원으로 10억원 이상 증가한다.
장기보유특별공제는 오랜 보유 기간에 발생한 주택 가격 상승분에 대한 세 부담을 낮추는 장치로 운용돼 왔다. 2024년 공제 총액은 16조7000억원이며, 공제 적용액 상위 100건 가운데 강남구와 서초구 소재 주택이 87%를 차지했다. 정부는 2026년 8월 3일 개편안을 내놓으면서 제도 명칭도 장기거주소득공제로 바꾸고, 실제 거주하지 않은 1주택자는 2029년부터 혜택에서 제외하기로 했다.
개편 효과는 양도차익과 주택 가격에 따라 갈릴 것으로 예상된다. 공제 상한의 영향을 크게 받는 강남권 초고가 주택은 세 부담이 급증하지만, 10년 이상 거주한 중저가 1주택자는 확대되는 양도세 기본공제로 부담이 줄어들 수 있다. 초고가 주택에 집중된 혜택을 조정한다는 정책 방향과 함께, 수십 년 동안 한 집에서 산 실거주자까지 세금이 늘어날 수 있다는 형평성 문제가 시행 과정의 쟁점으로 남게 됐다.